夜后的三位侍女解救了遭巨蟒袭击已奄奄一息的塔米诺王子。杀死巨蟒后，侍女们驻足停留，赞叹着昏迷不醒的英俊王子。侍女们不想让其中一人留下来独享照顾王子的殊荣，于是决定一起离开，去通知女王，王子的到来。捕鸟人帕帕吉诺跳了进来，向醒过来的塔米诺介绍自己，说他渴望一个美貌的妻子，并夸耀是他杀死了蟒蛇。侍女们回来后给塔米诺看了女王的女儿帕米娜的画像，并告诉他帕米娜被恶魔萨拉斯妥幽禁了。

为惩罚帕帕吉诺撒谎，侍女们堵住了他的嘴。看着画像，塔米诺立刻爱上了帕米娜。这时伴着一阵雷声，夜后出现了。她为失去女儿而痛苦万分。女王委托塔米诺去营救帕米娜，并命令帕帕吉诺陪同王子，尽管帕帕吉诺不太情愿。侍女们交给塔米诺一支魔笛，并给帕帕吉诺一柄魔力银铃，以保证他们的安全。三个魔仆被派去为塔米诺和帕帕吉诺引路。

塔米诺在魔仆的指引下来到一片树林中，树林里有三座寺庙。前两座寺庙大门紧闭，塔米诺不能进去。就在这时，一位牧师出现在第三座寺庙的门口，告诫塔米诺：恶魔是夜后而不是萨拉斯妥，帕米娜是安全的。牧师消失后，塔米诺吹起了魔笛，希望能让他心爱的人出现。帕米娜这时就在附近，正与帕帕吉诺一起逃跑。帕帕吉诺吹起他的鸟哨，回应王子的魔笛。摩罗带着他的侍从追赶上来，但是帕帕吉诺的魔铃使他们无能为力。正当帕帕吉诺要把帕米娜带走时，萨拉斯妥在仪式中入场，许诺给帕米娜最后的自由，但警告帕米娜提防她骄傲的母亲。摩罗带着俘虏的塔米诺进来，试图骚扰帕米娜，但受到萨拉斯妥的惩罚。帕米娜对塔米诺一见钟情。塔米诺和帕帕吉诺被带进寺庙。

塔米诺终于开口对帕来娜说话，帕米娜放心了，但是又非常担心塔米诺面临的新的磨练。萨拉斯托告诉这对恋人，他们还会再见的，然后就把他们分开了。帕帕吉诺的考验失败了。他高兴的坐下来喝了一杯酒。正在他又渴望一个漂亮女孩的时候，老妇人重新出现了。帕帕吉诺发誓对她忠诚时，老妇人变成了年轻的帕帕吉娜，但是布道师回来把她带走了。离开了塔米诺，伤心的帕米娜企图。魔仆救了帕米娜，并答应把她带到正受考验的塔米诺身边，带她来见塔米诺。

在水火洞前，两名守卫告诉塔米诺，他必须向水与火挑战。在帕米娜的陪伴和魔笛的保护下，塔米诺经历了水与火的考验。萨拉斯妥带着这对胜利的恋人进入寺庙。