严格意义上来说，“晚期”这个词用得并不恰当。莫扎特死的时候年方35岁，其实正是他创作生涯的全盛时期，他已经找到了全新的创作方式。莫扎特早年游历各国的经验已经在他的创作中完全展现，维也纳汇聚的各种音乐元素也为他的创作提供了素材，意大利音乐和德奥传统精神在莫扎特的身上开花结果。

而这正是这个时期莫扎特最让人惊讶的地方，《魔笛》之中包含了太多的元素。常人在面对这一当量的音乐元素时往往会被此搞得手忙脚乱，但是莫扎特却没有这个烦恼。他的存在对当时的几乎所有作曲家都是重压，在某种情况下，海顿也在这群作曲家之列。

在《魔笛》创作的同期，莫扎特写作了他最后的三首器乐协奏曲：篇幅宏大的C大调第二十六号钢琴协奏曲“加冕”、降B大调第二十七号钢琴协奏曲和A大调单簧管协奏曲。两首钢琴协奏曲使用了更加辉煌的钢琴技巧以及更为大胆的和声语汇，而单簧管协奏曲则是莫扎特为这件乐器写的唯一一部协奏曲作品，在这首协奏曲中，莫扎特把交响性的协奏曲原则带到顶峰，独奏乐器被推到技巧的极致，充满欣喜之情和和甘美旋律。

莫扎特的晚期交响曲也出现了令人无法想象的变化。他在1788年6月到8月之间一口气创作了他的最后三部交响曲：降E大调第三十九号交响曲、g小调第四十号交响曲和C大调第四十一号交响曲。第三十九号交响曲在6月26日完成；第四十号交响曲在7月25日完成；而第四十一号交响曲在8月10日完成！

要知道莫扎特可不是动用全力在写这几部作品，在这个时期他还在创作两曲钢琴三重奏、C大调第十六号钢琴奏鸣曲“简易奏鸣曲”，以及F大调第三十六号小提琴奏鸣曲。这样的写作效率，放到任何时期都是令人震惊的。

他晚期这三部交响曲的体量要比以往的任何一部交响曲都要大，尤其是C大调第四十一号交响曲，不然海顿的经纪人所罗门怎么会把它称为“朱庇特交响曲”呢？这部交响曲最令人惊讶的是它的末乐章：末乐章一共有五个主题，一个主题贯穿全乐章，另外四个主题以以奏鸣曲的形式出现，这五个主题在乐章最后混合成赋格式的结尾，整部乐章被誉为古典对位法的巅峰之作。

这一时期的莫扎特，重返了他早期器乐的几乎所有的形式，除了提到的协奏曲和交响曲以外，他还写作了很多三重奏、四重奏、嬉游曲和小夜曲。而与早期作品不同的是，此时的莫扎特，风格已经被纯化，有条不紊，这些都是为他最后那些光辉的歌剧所做的准备。